Setelah berakhirnya musim pertama, Peter Sutherland naik ke tingkat baru dalam organisasinya, Night Action, dan musim kedua membuka dengan ia sudah berada dalam dunia lapangan, bukan lagi hanya menjawab panggilan darurat dari ruang bawah tanah Gedung Putih. Pekerjaannya membawa bahaya di mana pun ia bergerak, dan kepercayaan menjadi barang langka — musuh bisa berada di mana saja, bahkan di dalam organisasinya sendiri. Peter dikirim ke Bangkok untuk sebuah operasi, tetapi ketika misi itu berantakan dan mitranya — Alice — tewas, semuanya berubah: ia harus bersembunyi, mengetahui bahwa ada pengkhianat di antara mereka. Di tengah kekacauan itu, Rose, yang kini bekerja di perusahaan teknologi di California, harus menghadapi kenyataan bahwa hidupnya juga menjadi risiko besar karena hubungan mereka. Ia menggunakan keahliannya dalam teknologi dan pengembangan perangkat lunak untuk melacak Peter lewat pengenalan wajah dan data publik, mengetahui bahwa dia berada dalam bahaya dan memutuskan ikut campur dalam bahaya yang terus membesar. Ancaman utama musim ini adalah senjata kimia KX, sebuah proyek rahasia yang telah jatuh ke tangan yang salah. Peter, Rose, dan paman/partner mereka di Night Action menemukan bahwa ancaman itu bukan hanya sebuah serangan terisolasi, melainkan bagian dari konspirasi politik besar yang melibatkan jurnalis, organisasi internasional, bahkan calon presiden. Saat jalur ujian moral dan hukum mulai kabur, Peter harus memutuskan: apakah tetap berada dalam sistem yang ia percaya, atau melanggar aturan untuk menghentikan kerusakan yang akan terjadi?
